تحلیل فیلوژنتیکی خانواده ژنی NAC در سورگوم دانهای و بررسی الگوی بیانی اعضای دخیل در پاسخ به تنش خشکی
Authors
Abstract:
سورگوم علیرغم تحمل قابلتوجه به خشکی، در دوران قبل و بعد از گلدهی در صورت مواجهه با تنش خشکی، دچار کاهش عملکرد دانهای میشود. عوامل رونویسیNAC ، نقش کلیدی در سازگاری سورگوم به خشکی ایفا میکنند. در این مطالعه، اطلاعات مربوط به خانواده پروتئینیNAC از پایگاههای اطلاعاتی جمعآوری شد. سپس، مدل مخفی مارکوف دمین NAC (PF02365) بر علیه پروتئینهای سورگوم مورد جستجو قرار گرفت. در مجموع، 183 توالی پروتئینی کدشونده توسط 131 مکان ژنی شناسایی شدند. درخت فیلوژنی بر اساس دمینNAC خانواده ژنیNAC سورگوم، بههمراه 11 توالی پروتئینی شناخته شده در سایر گیاهان، با روش نزدیکترین همسایهها ترسیم شد که این خانواده را به 15 زیرخانواده طبقهبندی نمود. 13 عضو از خانواده پروتئینی NAC سورگوم به زیرخانوادهSNAC های سایر گیاهان پیوستند که احتمالا در تحمل به تنشهای غیرزیستی دخیل باشند. 14 نوع عنصر تنظیمی پاسخدهنده به تنشها و هورمونها در راهانداز ژنهای زیرگروه SNAC پیشبینی شد. بهمنظور بررسی الگوی بیانی نسبی ژنهای SNAC، کشت مزرعهای بهصورت اسپلیت پلات در قالب طرح بلوکهای کامل تصادفی اجرا شد. آبیاری در دو سطح شامل آبیاری معمولی و تنش خشکی (قطع آبیاری پس از گلدهی) و ارقام در دو سطح شامل کیمیا (متحمل) و سپیده (حساس) لحاظ گردید. با توجه به الگوی بیانی SbSNACها، انتظار میرود که برخی از اعضا بهعنوان تنظیمکنندههای رونویسی مثبت (سه عضو) و منفی (سه عضو) در پاسخ به تنش خشکی پس از گلدهی در سورگوم فعالیت کنند. همچنین، برخی در پیری برگ (دو عضو) و فرایند انتقال مجدد فلزات (دو عضو) نقش دارند.
similar resources
بازسازی شبکههای ژنی و برهم کنش پروتئینی دخیل در پاسخ به تنش خشکی در برنج
برنج یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی است. یکی از تأثیرگذارترین عوامل محدود کننده این محصول استراتژیک تنش خشکی میباشد. نظر به چند ژنی بودن تحمل به خشکی، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژنهای کلیدی مربوطه در برنج با استفاده از تجزیه و تحلیل دادههای ریزآرایه بوده است. به همین منظور با استفاده از نرمافزار تحت وب Genevestigator تمامی ژنهای دارای تغییر بیان بالاتر و مساوی 5/2 ...
full textبازسازی شبکههای ژنی و برهم کنش پروتئینی دخیل در پاسخ به تنش خشکی در برنج
برنج یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی است. یکی از تأثیرگذارترین عوامل محدود کننده این محصول استراتژیک تنش خشکی میباشد. نظر به چند ژنی بودن تحمل به خشکی، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژنهای کلیدی مربوطه در برنج با استفاده از تجزیه و تحلیل دادههای ریزآرایه بوده است. به همین منظور با استفاده از نرمافزار تحت وب Genevestigator تمامی ژنهای دارای تغییر بیان بالاتر و مساوی 5/2 ...
full textبازسازی شبکههای ژنی دخیل در پاسخ به تنش خشکی درگیاه جو
سابقه و هدف: با توجه به اهمیت تنش خشکی و نظر به اینکه تحمل به تنش خشکی صفتی چند ژنی میباشد، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژنهای کلیدی دخیل در تنش خشکی درگیاه جو با استفاده از تجزیه و تحلیل دادههای ریزآرایه و همچنین شناسایی فرایندهای موثر بوده است. مواد و روشها: تمامی ژنهای دارای بیان افتراقی (≤ 5/2 و≥ 5/2-) در بین تمامی آزمایشات ریزآرایه انجام شده ، با استفاده از نرمافزا...
full textشناسایی in silico خانواده ژنی PLD و بررسی الگوی بیان آنها در پاسخ به تنش شوری در گیاه Medicago truncatula
فسفولیپاز D (PLD) و اسید فسفاتیک حاصل از آن نقش مهمی در تنظیم فرآیندهای سلولی از جمله رشد و نمو و پاسخ به تنش دارد. PLDها یک خانواده ژنی مهم را در گیاهان عالی تشکیل میدهند. که در آرابیدوپسیس، برنج و پنبه شناسایی شدهاند. در این پژوهش 16 ژن PLD در گیاه Medicago truncatula L. شناسایی شد که براساس دمینهای پروتئینی، روابط فیلوژنی، ساختار ژن و شباهت توالی به 6 گروه α (4 ژن)، β (2 ژن)، γ (2 ژن)، ...
full textشناسایی خانواده ژنی ERF در گیاه شورزیست Aeluropus littoralis و بررسی الگوی بیان آنها در پاسخ به تنش شوری
تنش شوری یکی از تنشهای غیرزیستی محدودکننده رشد و نمو گیاهان میباشد. عامل پاسخدهنده به اتیلن (ERF) خانواده ای از عوامل رونویسی دخیل در رشد و نمو گیاهان و نیز پاسخدهنده به تنشهای زیستی و غیرزیستی بوده و با توجه به اهمیت این خانواده در پاسخ به تنش شوری، در این تحقیق شناسایی ژنهای این خانواده در گیاه شورزیست چمن شور آلوروپوس لیتورالیس (Aeluropus littoralis) مدنظر قرار گرفت. در مجموع، 36 ژن غی...
full textMy Resources
Journal title
volume 8 issue 21
pages 1- 15
publication date 2018-05-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023